Пептидная (аминокислотная) последовательность

Медицинский портал Новости медицины Интересная медицина Белок в моче Ацетон в моче pH (кислотность) мочи

Аминокислотная (пептидная) последовательность

Пептидная (аминокислотная) последовательность Пептидная (аминокислотная) последовательность — это порядок, в котором аминокислотные остатки, соединенные пептидной связью, лежат в полипептидной цепи белка или пептида [1]. В соответствии с общими правилами, аминокислотная последовательность пишется с N-конца, то есть конца, содержащего свободную аминогруппу, к C-концу, который содержит свободную карбоксильную группу. Пептидная последовательность часто называется белковой, если она представляет собой первичную структуру белка [2]. В итоге, пептидная последовательность представляет собой первичную структуру всех белков на момент синтеза, однако через посттрансляционные модификации, первичная структура несколько меняется с образованием зрелого белка.

Сегодня, в «Базу аминокислотных последовательностей» [3], иные базы данных, определено и записано большое число пептидных последовательностей. Для записей может использоваться секвенирование белков, хотя во многих случаях аминокислотная последовательность может быть получена с помощью перевода из нуклеотидной последовательности [4] соответствующего гена (у эукариотов необходимо также реконструировать процесс сплайсинга [5]). Обычно, в базах данных аминокислотных последовательностей, для обозначения названий аминокислот, для краткости используются однобуквенные сокращения.

Анализ пептидных последовательностей – важный инструмент исследования белков. Для анализа последовательностей сегодня разработано большое количество вычислительных инструментов, в частности: для длинных последовательностей гидрофобных остатков часто указываются трансмембранные спирали. Эти спирали, в свою очередь, указывают, что данный белок является интегральным мембранным белком [6]. Определенные остатки указывают на типы вторичной структуры, например, бета-листы или альфа-спирали. По анализу полной последовательности белка можно оценить его изоэлектрическую точку.

При анализе пептидных последовательностей, важным шагом является сравнение рассматриваемых последовательностей с уже известными. Схожие последовательности, особенно схожие мотивы [7], часто указывают на схожую функцию или совместное эволюционное происхождение. Большое число гомологов данного белка в различных биологических видах указывает на эволюционное сохранение и важность данного белка для организма.


Примечания

Примечания и пояснения к статье «Пептидная (аминокислотная) последовательность».

  • [1] Пептиды (от греческого `0,^9,`0,`4,_9,`2, – «питательный») – семейство веществ, молекулы которых построены из двух и более остатков аминокислот. Пептиды перманентно синтезируются во всех живых организмах для регулирования физиологических процессов, принимают участие, в том числе, в процессах регенерации клеток.
  • [2] Белок, протеин – высокомолекулярное органическое вещество, состоящее из альфа-аминокислот, объединенных пептидной связью. Существуют две класса белков: простой белок, при гидролизе распадающийся исключительно на аминокислоты, и сложный белок (холопротеин, протеид), в котором содержится простетическая группа (кофакторы), при гидролизе сложного белка, кроме аминокислот, освобождается небелковая часть или продукты ее распада. Белки-ферменты катализируют (ускоряют) протекание биохимических реакций, оказывая значимое влияние на процессы метаболизма. Отдельные белки выполняют механическую или структурную функцию, образуя цитоскелет, сохраняющий форму клеток. Кроме того, белки играют ключевую роль в сигнальных системах клеток, при иммунном ответе и в клеточном цикле. Белки являются основой для создания мышечной ткани, клеток, тканей и органов у человека.
  • [3] Наиболее авторитетной базой аминокислотных последовательностей является Национальный центр биотехнологической информации (National Center for Biotechnology Information, NCBI) при NIH (Национальные институты здравоохранения США).
  • [4] Нуклеотидная последовательность, генетическая последовательность – порядок следования нуклеотидных остатков в нуклеиновых кислотах. Определяется при помощи секвенирования.
  • [5] Сплайсинг, RNA splicing – процесс вырезания отдельных нуклеотидных последовательностей из молекул РНК и соединения последовательностей, сохраняющихся в «зрелой» молекуле при процессинге РНК. При сплайсинге, из молекулы удаляются РНК нитроны (участки РНК, практически не несущие полезной генетической информации), после чего происходит соединение оставшихся участков, несущих генетическую информацию (экзонов), в одну молекулу.
  • [6] Мембранные белки – это белки, встроенные в клеточную мембрану либо мембрану клеточной органеллы, либо ассоциированы с таковой. Порядка 25 % всех белков являются мембранными.
  • [7] Мотив, в молекулярной биологии – характерная последовательность нуклеотидов (в РНК, ДНК) либо аминокислот (в белках), имеющая важное биологическое значение. Структурные мотивы в белках позволяют найти участки белков, отвечающие за определенные свойства.

При написании статьи о пептидной (аминокислотной) последовательности, в качестве источников, использовались материалы медицинских и информационных интернет-порталов, сайтов новостей NIH.gov, Nature.com, MIPT.ru, Википедия, а также следующие печатные издания:

  • Казанская Н., Козлов Л., Черкасов И. «Химия белка». Издательство «Мир», 1969 год, Москва,
  • Самченко А., Комаров В. «Торсионная лабильность пептидной группы во вторичных структурах белков». Издательство «LAP Lambert Academic Publishing», 2012 год, Саарбрюккен, Германия.

Пептидная (аминокислотная) последовательность



©2010-2018 Феминдекс. Диагностический справочник. О сайте, Конфиденциальность
18+